Durante mais de um século, a antiga Capela de Nossa Senhora das Mercês foi o principal espaço de culto desta área. Com o crescimento da comunidade e a necessidade de criar melhores condições para a celebração religiosa e para o desenvolvimento das atividades pastorais, surgiu o projeto de construção de um novo templo.
As obras tiveram início em fevereiro de 1990, concretizando um projeto que mobilizou a comunidade e viria a marcar a vida religiosa e social de São Pedro da Cova. A nova igreja foi inaugurada e dedicada a Nossa Senhora das Mercês em 21 de dezembro de 1997, numa celebração presidida pelo Bispo do Porto, D. Armindo Lopes Coelho, durante a qual teve também lugar a sagração do altar.
A nova igreja integrou-se num conjunto mais amplo, associado ao Centro Pastoral, destinado a acolher não apenas as celebrações litúrgicas, mas também diversas atividades de natureza formativa, educativa e comunitária. Entre estas destaca-se a catequese, assumindo o espaço um papel importante no acompanhamento das diferentes gerações e na transmissão da fé.
A construção do novo templo constituiu, assim, um importante projeto coletivo, dando continuidade à tradição de devoção a Nossa Senhora das Mercês e à relação da comunidade com o seu património religioso. A antiga capela e a nova igreja representam dois momentos distintos de uma mesma história, testemunhando a transformação da comunidade e a sua capacidade de preservar e renovar os espaços de culto.
